今のマックスレベルでもクールダウン無しで再度メガシンカするのに必要なエナジーは10個くらい。
この先500回メガシンカすることがある？

スーパーマックスレベルでも5個は消費するので、1種類のポケモンにつき1体だけをメガシンカすると言うコストで考えると1000回分に相当。

同種のポケモンで複数のメガシンカポケモンを育成して、通常運用時のエナジー消費無しを狙うなら、マックスレベル4体育成=1200エナジーか、スーパーマックスレベル2体育成=600+10000=10600エナジーかと言う比較になるので、比較にならない。
あとは、PL+2のボーナスと、どの程度上がるかよくわからない飴ボーナスに価値を見出すかですが…
個人的には、レイド等で使うような戦力になるポケモンは既に4体ずつマックスレベルまで育成しているので、その他のボーナスが拡充されなければスーパーを狙う必要はなさそうですね。