長くポケモンGOを楽しんでる人、今すぐ始めた人、
その他アカウントさえあれば、心無い転売目的の人でも無条件でミュウツー100%(Earth背景)が手に入れられる方法を取った事が、失敗かも知れませんね。

配布理由を明確にして、新旧問わずユーザーへの丁寧な対応を目指すのであれば、
既存のユーザーには、配布に至った理由とプロモーションコード式のタイムチャレンジを各アカウント(メール)に送り、
新規ユーザーには、【ミュウツー捕獲に数十日掛かるような内容のタイムチャレンジ】を期限付きで配布という方法も取れたのではないかなと思います。