福岡からフェリーで往復してきました。
博多08時54分発リレーかもめ13号に乗って武雄温泉でかもめ13号に乗換えて10時32分に長崎に到着。
長崎駅から長崎港まで歩いて11時30分発のジェットフォイルで福江港に12時55分に到着。
福江から13時10分発のバスに乗り13時42分に堂崎天主堂バス停に到着。
忍者のWS使って小走りでクエストを発生させ、小走りで堂崎天主堂バス停戻り14時04分発のバスで福江に戻る。
15時45分発のジェットフォイルに乗って17時30分に長崎港に戻る

後は食事でもして、高速バスでも新幹線でもいいから好きな手段で福岡に戻れます。

ポイントは堂崎天主堂バス停を降りてからクエスト発生させ、折り返しのバスに乗るところです。
私はWS使って小走りで行きましたが、結果的には10分程度折り返しのバスを待つことになったのでもう少し余裕があるかもです。忍者WSを残してあればゆっくり歩いて往復できた気がしました。

ご参考まで。